赤眉能横扫更始、屡败邓禹，其恐怖战力，让刘秀十分忌惮。为了顺利围剿赤眉，除冯异去关中堵截外，刘秀在赤眉东归之路上设下层层阻截，破奸将军侯进驻防新安（汉函谷关) ，建威大将军耿弇驻防宜阳。
赤眉无论是回山东老家，还是要祸乱中原，新安、宜阳他们必会选其一。刘秀下令耿弇、侯进：赤眉如果走宜阳，侯进就南下支援；赤眉如果走新安，耿弇务必北上。
刘秀本人坐镇洛阳，他下定决心，决不能把赤眉放过去！
此前，为了给冯异扫清入关的通道，刘秀令祭遵等入箕关，南击弘农、厌新、柏华蛮中贼（宫等入箕关，南击弘农、厌新、柏华蛮中贼）
这些流寇也和赤眉有关，当初三十万赤眉攻破函谷关杀入关中，更始在三辅的行政体系被彻底打残，当地豪族、流民、更始残兵纷纷占据山头，占山为王。
如果不能扫清这些流寇，冯异根本连关中都进不去。
插播一句，当时洛阳附近也不安全，刘秀本来去攻打怀县的绿林军旧部，猛攻三日不能拿下。之后新臣服的鲍永上阵，因其在绿林军中威望较高，不费一兵一卒，就说服绿林旧部归降（时攻怀未拔，帝谓永曰：“我攻怀三日而兵不下，关东畏服卿，可且将故人自往城下譬之。”即拜永谏议大夫。至怀，乃说更始河内太守，于是开城而降。帝大喜，与永对食）
祭遵的扫荡军团阵容十分豪华，骠骑大将军景丹、建义大将军朱祐、汉忠将军王常、骑都尉王梁、臧宫等纷纷出动。
即便如此，剿匪作战依然无比艰辛。激战中，主帅祭遵中了弩箭，众人第一反应就是先撤。祭遵大怒，呼叫斥骂不止，死战不退。眼看大领导都不要命，那还怕个鸟，上下齐心，终于大破流寇（众见遵伤，稍引退，遵怒，斥骂不止，士卒战皆自倍，遂大破之）
扫清北部匪患后，祭遵继续领兵南下，目标新城蛮中山贼首领张满。此人是新城附近最大的流寇，被祭遵击溃的其余流寇也纷纷南下新城，以张满为首，形成一个强大的流寇集团（而厌新、柏华余贼复与满合）
流寇势大，祭遵没有选择硬攻。他断了张满的粮道，张满本来也没用很多存粮，忽然间来了大批投效的流寇，更显捉襟见肘。无奈只能主动挑战汉军大营，祭遵坚守壁垒不出（遵绝其粮道，满数挑战，遵坚壁不出）
对峙了一年，建武三年（27年）春，张满粮尽，祭遵方才大举攻城，活捉张满（明年春，张满饥困，城拔，生获之）
洛阳附近的流寇被清剿一空，冯异那边战况如何呢？
冯异受命西行后，一路布施威信，投顺者无数（异顿首受命，引而西，所至皆布威信。弘农群盗称将军者十余辈，皆率众降异）
挺进关中后，在华阴截住了赤眉，冯异凭一己之力挡了赤眉主力六十余日。
赤眉之前纵横天下，除了在陇右因为天气、地形输给凉州兵，后因大意在延岑手下吃了一个大亏外，正面硬刚就没输给过谁。没曾想新来的汉将那么能打，本就人心惶惶的赤眉开始军心动摇，刘始、王宣等五千余人当即倒戈(别忘了冯异可是相当擅使离间计）。
冯异旗开得胜，捷报传到洛阳，刘秀也心定了，当即快马任命冯异为征西大将军，之前冯异只是一个杂号将军（孟津将军），提拔了数级！
有人不乐意了：“屡败将军”邓禹。
同样都是正面对决，怎么别人就能轻松打赢呢？人比人，气死人啊，不行，一定要挽回脸面。
他做出了一个惊人决定，率本家兄弟车骑将军邓弘等，从河东渡黄河南下，在湖县将缓缓东撤的冯异拦住（邓禹率车骑将军邓弘等引归，与异相遇）
邓禹二话没说，当场夺了冯异的指挥权，同时下令冯异和他一起对赤眉发动反攻。
你要是冯异，该怎么处理？
刘秀出征前已经将任命他为最高指挥官，来关中的也是因为你邓禹不能打嘛，凭什么现在要听你的？
然而冯异知道此时不是内讧的时候，为了团结、为了军队的稳定，冯异好言劝说邓禹：异与贼相拒且数十日，虽屡获雄将，余众尚多，可稍以恩信倾诱，难卒用兵破也。上今使诸将屯黾池要其东，而异击其西，一举取之，此万成计也。
冯异摆事实讲道理，现在汉军是小胜了几场，但赤眉的主力尚在，战力依然强悍，只能慢慢用恩信倾诱，一点点分化瓦解。
担心邓禹胡搅蛮缠，他索性将刘秀这尊大神也搬出来，皇帝已经在赤眉东归的路上安排大军埋伏，我们的任务就是且战且退，不断消耗其锐气，将这二十万的赤眉军引到新安、宜阳一带，配合汉军主力打一场歼灭战。
你不信我，皇帝的话你总听吧。
冯异还是低估了邓禹的反应，大家都是聪明人，邓禹一听就明白这个方略是最稳妥的，他都懂，情绪已经战胜理智，面子大于军法！
禹、弘不从。
算起来这算是邓禹第三次公然抗命了：
第一次抗命：
邓禹又久不进兵，刘秀遂下诏催促邓禹进兵长安，诏令说：镇抚西京，司徒，是尧；亡贼，是桀。长安的官吏民众，惶惶无所依归。应掌握时机进讨，安定抚慰西京，以维系百姓的心。
禹犹执前意。
第二次抗命：
邓禹在云阳无法立足，带着败军退往高陵，粮食也找不到，吃啥呢？野枣、野菜（至高陵，军士饥饿，皆食枣菜）
这NM比赤眉混的都惨！
饭都吃不上，谁还愿意当兵，汉军开始出现大逃亡，又乏食，归附者离散。
刘秀得知汉军的惨状后，直接给邓禹下达停战令：赤眉无谷，自当来东，吾折捶笞之，非诸将忧也。无得复妄进兵。
禹以惭于受任而功不遂为由，数以饥卒徼战，辄不利。
接二连三的违命，放眼整个古代都是相当罕见的。说难听点，邓禹根本就没把刘秀这个皇帝当回事，这也充分证明西汉末年是豪族争霸的时代，新野邓氏的实力有多雄厚，在后面的神将叛乱还会详细分析。
面对无理取闹的邓禹，冯异心里又不得不怒。
论级别，此时他已经在邓禹之上，冯异刚拿到征西大将军，邓禹西征前仅为前将军（之后并没有升官加爵的记录），从汉代的军职来看，
大将军→骠骑将军→车骑将军→卫将军→四征将军→四方将军（前、后、左、右）→四平将军→杂号将军。
“四征将军”（征东、征南、征西、征北）与“四方将军”（前、后、左、右，（拱卫中央的四方要地）均属高级将军，前者地位更高的原因是汉代“以征伐为重”。
邓禹持节，冯异手里也有刘秀的尚方宝剑（车驾送至河南，赐以乘舆七尺具剑）
如果火拼，冯异手下的精锐又岂是邓禹残兵所能抵挡。
然而思虑再三，为了顾全大局，冯异最终选择隐忍。没想到这一退让，差点将光武的阻击计划毁于一旦。
见冯异服软，邓禹马上让邓弘向赤眉发起进攻（还是为了抢功，让自己人得利），赤眉一看，乐了，这不是关中的手下败将嘛？
甫一接战，赤眉发现不妙，邓弘战力明显提高，这不是关中那支屡战屡败的汉军，一定是之前新入关的军队。
对冯异军的战力，赤眉公认很强。
赤眉耍了个计谋，假装战败，这回连辎重也不要了（弘遂大战移日，赤眉阳败，弃辎重走）
这种伎俩看上去很Low，久经战阵的名将一眼就能识破。赤眉为什么逃出关中？不就是因为缺粮嘛，怎么可能丢弃粮草。事实的确如此，留给汉军的就是一坨土，只有表面覆盖了浅浅的一层粮食（车皆载土，以豆覆其上）
但是这个计策对邓氏兄弟很有效，换一个说法，赤眉摆明了就是针对邓氏兄弟的。
还记得邓禹在关中的窘境嘛，他们手下的汉军很久没吃过饱饭了，一看粮食都疯了，各种抢夺，兵士饥，争取之。
邓弘的直属军队一乱，连带着整个汉军的军阵也零散不整，赤眉见状迅速掉转身，反击汉军。邓弘大败，邓禹、冯异拼命才抢了回去（赤眉引还击弘，弘军溃乱。异与禹合兵救之，赤眉小却）
又他妈败了！
邓氏兄弟心里苦啊，悲愤无以复加！为什么还会输！
冯异觉得邓禹这次应该幡然醒悟，于是以士卒饥倦，劝邓禹休战。
他低估了邓禹的自控力，邓禹根本就没鸟他，他一心想的就是打赢对方，再次强令汉军进攻。
一将无能累死全军！
赤眉这次彻底把邓禹打残，汉军死伤三千余人，邓禹所部彻底溃散，连冯异的军队都被冲垮（禹不听，复战，大为所败，死伤者三千余人）
邓禹仅率左右二十四骑逃回宜阳（出发前刘秀给了他二万精锐，现在几乎全军覆灭）
冯异更惨，徒步逃到回溪阪（异弃马步走上回溪阪，与麾下数人归营，复坚壁，收其散卒，招集诸营保数万人）
从冯异收拢的军士数量来看，他应该是留了一手。新入关的汉军主力几乎未受影响， 保持了完整建制，这也为后来与赤眉决战打下基础。
现在形势又回到弘农对峙时的局面，好在这次没有烦人的领导瞎指挥，冯异可以拿出自己的真正水平。
他探知赤眉没有走豫西通道去撞函谷关，而是选了当初入关的老路，走宜阳。冯异一方面通知后方的刘秀，同时主动与贼约期会战。
之间不是说：故善用兵者，避其锐气，击其惰归，此治气者也，为啥新败的冯异还敢主动约战呢？
1、冯异的底气在于他的队伍是精锐之师，在河内曾将朱鮪十万大军打的龟缩在洛阳不敢出。之前输赤眉那是邓禹瞎指挥，现在回到老领导帐下，将士们信心满满，憋着一股气要重新证明自己。
2、赤眉并不知道邓禹被打跑，汉军又重新换帅。
3、他给赤眉准备了一个大招，挑选精锐换赤服，染红眉，在路旁埋伏，在关键时刻这支伏兵会给赤眉一个惊喜（使壮士变服与赤眉同，伏于道侧）
次日凌晨，会战开始，史料记载如下：
赤眉使万人攻异前部，异裁出兵以救之。贼见埶弱，遂悉众攻异，异乃纵兵大战。日昃，贼气衰，伏兵卒起，衣服相乱，赤眉不复识别，众遂惊溃。追击，大破于崤底，降男女八万人。
详细分析下战役过程。
赤眉先派一万人攻击冯异的前军，冯异为了示弱，只用少数部队增援。
赤眉发现汉军人少，笃定又是邓禹领兵，于是全军出动发起总攻。本以为可以短时间内击溃汉军，谁料对面的汉军实力也陡然增强，冯异同样把主力悉数投入战场。
双方整整打了一日，都无法战胜对方。
此时，赤眉搞清楚对面汉军的主将是谁了，越打越慌的赤眉渐渐有了退却之意（一个想洗刷耻辱，另一个只想逃回山东，无意恋战）
一直冷静观察敌阵的冯异下令伏兵出动，衣服装扮完全相同的汉军精锐突袭赤眉本阵。乱战时，也没办法在短时间内分清敌我，更担心真TM有人叛变了，毕竟之前有过被冯异忽悠投降的案例。
赤眉军心大乱，丧失斗志的士兵四散逃跑，冯异直追到崤底，俘虏了整整八万人。
即便遭此大败，赤眉仍能聚拢残部，余众尚十余万。这伙人躲过冯异的追击后，继续向东流窜，结果一头撞向刘秀大军。面对人数众多，严阵以待的汉军，赤眉恐慌不已，当汉军亮出光武的旗号后，赤眉仅存的一点战意也没了。
那可是昆阳之战的大英雄、统一河北的战神，不打了，认输了。
赤眉选出的傀儡皇帝刘盆子向刘秀献出传国玉玺，樊崇等赤眉大佬一声令下，十万赤眉纷纷缴械，汉军缴获了海量武器，堆积起来就如一座小山。
对这伙拥有强悍战力、又桀骜不驯的流寇，该怎么处理呢？
学楚霸王那样一杀了之，的确省力，问题项羽坑杀秦军后，长安父老从此同仇敌忾，极力辅佐刘邦跟你死磕。更何况，人家是放下武器主动归降，你要是杀了，其他军阀都看在眼里，以后还有谁还会降!
但是光武自身粮草也很紧张，此时汉军正在四条战线同时开战（后面会展开分析），要养活这十万赤眉，对后勤是极大的考验。再说，这帮山东大汉放回家后，如果东山再起怎么办？
刘秀思虑再三，决定还是放赤眉一马。咱汉军是仁义之师，不是弑杀之辈。刘秀特意下令让十万赤眉军饱餐一顿（帝令县厨赐食，觽积困餧，十余万人皆得饱饫）
但对这群匪帮，还得敲打一番，不久刘秀在洛水边展开盛大阅兵式，令赤眉君臣共同观礼。
刘秀检阅部队期间，突然问刘盆子：自知当死不？
放牛娃态度相当端正：罪当应死，犹幸上怜赦之耳。
刘秀大笑：儿大黠，宗室无蚩者。不愧是咱老刘家的人，就没有愚笨的。刘秀对刘盆子赏赐甚厚，将整个荥阳的租税都给了他，在汉末诸多称帝的野心家中，刘盆子罕见地得了善终。
刘盆子只是傀儡，接下来的几位才是刘秀真正要敲打的对象。他对樊崇等人说：得无悔降乎？朕今列兵于此，卿等观之，可复欲战不？
诸位服不服啊？不服放你们走，咱再接着比划。
赤眉大佬中最有文化的徐宣赶紧磕头表态：臣等出长安东都门，君臣计议，归命圣德。百姓可与乐成，难与图始，故不告觽耳。今日得降，犹去虎口归慈母，诚欢诚喜，无所恨也。
我们出长安时，就决定向圣上归降啦，今日见您，好比回到慈母怀抱，真是欢喜之至，哪有什么悔恨。
到底是当过丞相的，说出来的话水平就是高，这个马匹拍得相当有水平，刘秀投桃报李：卿所谓铁中铮铮，佣中佼佼者也。
刘秀随后将樊崇、徐宣、逢安、杨音、谢禄等三十余位赤眉首领全部安置在洛阳，每人赏赐一处宅院，良田二顷。
徐宣很满意，他的确是真服了，但有人还是不满。
一手建立赤眉的大佬樊崇被囚禁在洛阳牢笼中，浑身不自在，不久又和逄安密谋，召集旧部准备杀回山东老家。刘秀早有防备，樊崇尚未起事，就被光武悉数擒获（后数月，光武以樊崇、逄安等谋反，诛之。徐宣、杨音等皆得善终）
自王莽乱国起，纵横天下十多年的赤眉自此退出了历史舞台，继绿林、赤眉为代表的流民武装后，光武即将迎来真正的对手：同阶层的豪族。
刘秀在洛水边玩行为艺术的同时，冯异正马不停蹄地进军关中，他的对手是以延岑为首的关中诸势力联盟。
时赤眉虽降，众寇犹盛：延岑据蓝田，王歆据下邽，芳丹据新丰，蒋震据霸陵，张邯据长安，公孙守据长陵，杨周据谷口，吕鲔据陈仓，角闳据汧，骆延据盩厔，任良据鄠，汝章据槐里。
别看这个联盟人多势众，内部松散的很，各称将军，拥兵多者万余，少者数千人，转相攻击。
面对突入关中的汉军，延岑仅能调动张邯、任良两支兵马（对比后来曹操与马超的潼关大战，冯异的考题的确简单许多）。这点开胃菜根本就不禁打，冯异轻松将其击溃，斩首千余级。
三月，汉军入上林苑。
墙头草们一看来了更猛的主子，迅速掉头，先前依附于延岑的地方势力又纷纷转降于冯异。
延岑忧惧下，派兵攻取析县，开始给自己准备退路了。
堂堂武安王一战之下就心生怯意，哪还有当初勇战赤眉的英姿，都无需冯异亲自出手，仅遣复汉将军邓晔、辅汉将军于匡邀击延岑，就将其大破，延岑部将苏臣所部八千余人投降。
此战虽消灭了延岑主力，却没有捕获延岑，在析县军队的掩护下，延岑成功退入南阳郡内，后面还有他的大戏份，他将坚挺至刘秀统一的最后一刻。
延岑东逃后，冯异没有继续追击，当下还有更重要的事情要做。此时关中的物价相当离谱，一斤黄金只能换五升豆子（黄金一斤易豆五升）
普通人自然拿不出黄金，怎么活呢？时百姓饥饿，人相食。
汉军入关中后，同样面对缺粮的困境：道路断隔，委输不至，军士悉以果实为粮。
只能吃野果的军队，时间一长，哪怕冯异治军再严，也难控制。
好在刘秀早有准备，下诏派赵匡上任右扶风，协助冯异修复关中物流线，火速将关东的物资运输入关。粮食送到军营后，军中皆称万岁。
有了洛阳方面的物资支援，冯异开始了一系列堪称教科书清剿的维稳手段。
1、继续清剿割据势力，除了吕鲔、张邯、蒋震遣投靠蜀地公孙述外，余着皆倒向汉军（唯吕鲔、张邯、蒋震遣使降蜀，其余悉平），冯异随后将对这些大大小小的军阀首脑，统统打包送到洛阳（悉遣其渠帅诣京师），流民的前身都是朴实的百姓，而且流民军往往是没有严密组织架构的，只要把造反挑头的匪首除掉，流民、匪帮就会变成一盘散沙。
2、对于关中的地方豪强，冯异采用经典的胡萝卜加大棒政策，听话的有奖（给官做），不听话的统统干掉（褒赏降附有功劳者，乃稍诛击豪杰不从令者）
3、对那些在关中四处流荡的百姓则给予资财，让其回乡好好务农（散其众归本业）
三管齐下后，异兵食渐盛，威行关中。自王莽乱国开始，折腾了数十年的关中百姓终于能喘口气了，昔日满目疮痍、断壁残垣的长安数年后就恢复成烟火万家 、繁荣昌盛的大都会。
冯异功不可没！
中兴将帅立功名者众矣，唯岑彭、冯异建方面之号，自函谷以西，方城以南，两将之功，实为大焉。
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